Создание регулярного российского флота было связано с именем Петра Великого. В мае 1688 года юный царь Петр Алексеевич, которому в то время едва исполнилось 16 лет, обнаружил ботик, подаренный его отцу — царю Алексею Михайловичу. После ремонта и оснастки ботика Пётр испытал его сначала на Яузе и на Просяном пруде, а после в Переславле-Залесском, на Плещеевом озере, где заложил первую верфь для строительства судов. «Потешный» флот, созданный Петром в 1688—1693 гг., был предтечей Российского регулярного флота.

В конце XVIII — начале XIX веков, Военно-Морской Флот России стал третьим по величине в мире после Великобритании и Франции.[источник не указан 1943 дня] Черноморский флот имел в своём составе 5 линейных кораблей и 19 фрегатов (1787 год), Балтийский флот имел 23 линейных корабля и 130 фрегатов (1788 год).

В XXI веке Россия возобновила прерванное в 1990 году военно-морское присутствие в Мировом океане. С 1 декабря 2014 года управление, координацию и контроль выполнения ВМФ России задач боевой службы и боевого дежурства, участия в международных операциях и специальных мероприятиях, международно-правовое сопровождение действий ВМФ России осуществляет Национальный центр управления обороной Российской Федерации.