АБОП была учреждена 10 июля 2000 года. По сведениям Википедии, поддержку организации на первом этапе оказывал занимавший в то время пост первого заместителя секретаря Совета безопасности России Михаил Фрадков.

31 августа 2000 года АБОП была зарегистрирована в Министерстве юстиции Российской Федерации. В 2002 году она была утверждена научным общественным центром Комитета Государственной Думы Федерального собрания РФ по безопасности для научно-исследовательского обеспечения законодательной работы в сфере национальной безопасности.

Генеральная прокуратура Российской Федерации и ФСБ России, Федеральная налоговая служба, Министерство юстиции Российской Федерации и Геральдический совет при Президенте Российской Федерации выявили в деятельности организации нарушения законодательства Российской Федерации.

В сообщении Генеральной прокуратуры Российской Федерации говорится: «…В частности, АБОП и Национальный комитет вопреки действующему законодательству учредили 73 вида идентичных государственным наград, в том числе ордена, медали, нагрудные знаки, а также установили ученые степени, ввели форменное обмундирование, аналогичное военной форме, а также воинские звания…». «…Образцы дипломов и аттестатов, выдаваемых академией, имеют сходство с дипломами и аттестатами государственного образца, что не исключает их использование в качестве таковых…». Все это, по мнению прокуратуры: «…создает условия для коррупционных проявлений и дискредитирует государственную власть…».

В декабре 2008 года из офиса организации в Москве на Садовой-Кудринской улице 26/40 были вывезены все учреждённые ею ордена и медали, они официально признаны недействительными.

8 декабря 2008 года Верховный Суд РФ рассматривал заявление Генерального прокурора РФ о закрытии Общероссийской общественной организации «Академия проблем безопасности, обороны и правопорядка». 10 декабря 2008 года Верховный Суд Российской Федерации принял решение удовлетворить заявление Генерального прокурора РФ и ликвидировать АБОП.