Родился в селе Леденском Тотемского уезда Вологодской губернии в крестьянской семье. В 1887-91 ученик слесаря в Кронштадте, с лета 1891 слесарь на Семянниковском заводе в Петербурге.

В 1894 занимался в рабочем марксистском кружке под руководством В.И.Ленина. В 1895 активно участвовал в работе Петербургского "Союза борьбы за освобождение рабочего класса". Вёл революционную работу среди рабочих Семянниковского, Александровского и Стеклянного заводов, организовывал рабочие кружки и библиотеки.

В январе 1896 арестован по делу "Союза борьбы" и выслан в феврале 1897 в Екатеринослав. В декабре 1897 один из организаторов Екатеринославского "Союза борьбы за освобождение рабочего класса". В октябре 1898 создал Екатеринославский комитет РСДРП; в 1900 организовал нелегальную газету "Южный рабочий".

Бабушкин был агентом ленинской "Искры" и её активным корреспондентом. В 1900-01 вёл революционную работу в Москве, Смоленске, Полоцке, Орехово-Зуеве, Иваново-Вознесенске и др. В 1902 бежал из екатеринославской тюрьмы и уехал в Лондон. В октябре 1902 вернулся в Россию. Будучи членом Петербургского комитета РСДРП, вёл борьбу против "экономистов" и зубатовцев, отстаивал позиции ленинской "Искры".

В 1903 арестован и выслан на 5 лет в Верхоянск (Восточная Сибирь). Освобожденный по амнистии в 1905, активно участвовал в Революции 1905-07. Входил в состав Иркутского и Читинского комитетов РСДРП, сотрудничал в большевистской газете "Забайкальский рабочий". Вместе с В.К.Курнатовским и А.А.Костюшко-Валюжаничем возглавлял в Чите вооруженное восстание. В январе 1906, транспортируя из Читы в Иркутск оружие для рабочих, был захвачен с пятью товарищами на ст. Слюдянка Забайкальской железной дороги карательной экспедицией генерала Меллер-Закомельского и 18 января 1906 года на ст. Мысовая без суда и следствия расстрелян.

В некрологе, посвященном Бабушкину, В.И.Ленин назвал его народным героем, гордостью большевистской партии. Именем Бабушкина назван бывший г. Мысовск Бурятской АССР.