Андреевский флаг представляет собой белое полотнище с двумя диагональными полосами синего цвета, образующими наклонный крест, называемый Андреевским; отношение ширины флага к его длине — один к полутора; ширина синей полосы равна 1/10 длины флага.

Этот крест и дал имя флагу. Символика Андреевского креста уходит корнями в историю раннего христианства. Апостол Андрей был братом Апостола Петра. Оба брата ловили рыбу в Галилейском море, что обусловило их покровительство над морской торговлей. Андрей был первым, кого призвал к себе в ученики Христос, поэтому был назван Первозванным. Согласно средневековому преданию, Апостол Андрей также посещал Русь, в связи с чем считается святым покровителем России. В Киеве он оставил наперсный крест, после этого он посетил Новгород и расположенный рядом Волхов. Апостол Андрей стал известным после неустанного проповедования христианства в своём путешествии и принятия мученической смерти на косом кресте в греческом городе Патры.

В 1698 году, Петром I был учреждён первый в России орден — орден Святого апостола Андрея Первозванного — для награждения за воинские подвиги и государственную службу. Орден состоял из золотого креста, голубой ленты, серебряной восьмиконечной звезды и золотой цепи. В центре звезды, в розетке, покрытой красной эмалью и золотыми полосками в виде сияния, — двуглавый орёл, увенчанный тремя коронами, на груди орла — косой синий крест. В этом же, 1698 году синий Андреевский крест впервые появился на флаге адмирала Лефорта.

Став царём, Пётр I уделял много внимания разработке проектов флагов. В 1699 году он лично нарисовал два проекта. На одном из них имелись три параллельных полосы с надписью «белый», «синий», «красный», на втором изображался Андреевский крест на фоне трёх горизонтальных полос. 1 (11) декабря 1699 года флаг с Андреевским крестом был провозглашён Петром I в качестве официального флага военного флота России.

Андреевский крест появился сначала в крыже адмиральских флагов, впервые зафиксированных Питером Бергманом в 1700 году на корабле «Гото Предестинация». Первый флаг с Андреевским крестом, занимающим всё полотнище флага, появился впервые в 1710—1712 годах, в 1720 году подтвержден в уставе. При подготовке Устава Пётр I дал такое описание флага: «Флаг белый, поперёк этого имеется синий Андреевский крест, коим Россию окрестил он». В такой форме Андреевский флаг просуществовал в Российском Флоте до весны 1918 года (была попытка ввести в 1917 году красный кормовой флаг, но это пытались неудачно применить только на кораблях Балтийского флота).

Дореволюционные Андреевский флаг и гюйс были вновь введены во флоте России в 1992 году, они используются по сей день. Официальное знамя ВМФ России, основанное на флаге ВМФ России, было утверждено Федеральным законом № 162 от 29 декабря 2000 года (с последующими изменениями и дополнениями). Андреевский флаг изображён на ведомственной медали Министерства обороны Российской Федерации «300 лет Балтийскому флоту», учреждённой приказом Министра обороны Российской Федерации № 160 от 16 мая 2003 года.