29 ноября 2002 года премьерой оперы Римского-Корсакова «Снегурочка» открылась Новая сцена Большого театра.

1 июля 2005 года Основная сцена Большого театра закрылась на реконструкцию. Последним спектаклем, прошедшим на Основной сцене перед закрытием, стала опера Мусоргского «Борис Годунов» (30 июня 2005 года). Планируемое время открытия — 2 октября 2011 года, спектакль — премьера оперы Глинки «Руслан и Людмила» (режиссёр-постановщик — Дмитрий Черняков).

В 2009 году СКП России возбудил уголовное дело о необоснованном расходовании средств. По данным Счётной палаты, за период реконструкции Большого театра её стоимость выросла в 16 раз.

С 2009 года, после ухода Александра Ведерникова с поста главного дирижёра, театр работает только с приглашёнными дирижёрами

В июне 2011 года в Большом театре планируется открытие органа, который будет иметь 31 регистр и 2 мануала. Тендер на изготовление и установку нового духового органа в Большом театре выиграла немецкая органостроительная фирма Глаттер-Гёц, уже установившая в России орган в Московском международном Доме музыки и в Пермской филармонии. Органостроительная фирма подписала контракт с компанией Бош Рексрот, которая несет ответственность за новое оборудование сцены Большого театра и выступает генеральным подрядчиком в процессе полной модернизации техники сцены.